マンションの一室を主たる営業所として登録した場合でも、警察署による立ち入り調査はあるのですか？？

あります。不定期ではありますが、古物台帳の確認と古物商プレートの設置の確認を行います。これはどんなに小規模で、かつインターネットだけでリユースビジネスを行っていたとしても、警察署による立ち入り調査はあります。特に「古物台帳の帳簿作成」と「古物商プレートの作成・設置」は古物商としての義務です。古物商許可証を取得後、それらを怠ることの無いよう気をつけてください。

警察職員は、必要があると認めるときは、営業時間中において、古物商の営業所若しくは仮設店舗、古物の保管場所、古物市場又は第十条第一項の競り売り（同条第三項及び第四項に規定する場合を除く。）の場所に立ち入り、古物及び帳簿等（第十八条第一項に規定する書面で同項の記録が表示されたものを含む。第三十五条第三号において同じ。）を検査し、関係者に質問することができる。
２　前項の場合においては、警察職員は、その身分を証明する証票を携帯し、関係者に、これを提示しなければならない。
３　警察本部長等は、必要があると認めるときは、古物商、古物市場主又は古物競りあつせん業者から盗品等に関し、必要な報告を求めることができる。
４　前項の規定は、第二十一条の六第一項の認定を受けた者について準用する。

古物営業法　第二十二条（立入り及び調査）